دلايل زندانى شدن امام در اين دو بار كه هر دو به دست هارون بوده است عبارت است از:

1- سختگیری های هارون نسبت به علویان به خصوص امام موسی کاظم(علیه السلام)

2- نفوذ بسیار امام و علویان در میان مردم به دلیل اینکه فرزندان رسول خدا(صل الله علیه و آله) هستند.

3- مفترض الطاعه بودن‌ امامان شیعه و ترس دستگاه حکومت از شیعیان به دلیلی این صفت ائمه اطهار؛ مرحوم صدوق از جمله علل به شهادت رسيدن امام كاظم عليه السّلام را آگاهى يافتن هارون از اعتقاد شيعيان به امامت امام دانسته است. هارون فهميد كه شيعيان شب و روز به خدمت امام مى‌رسند. و به خاطر ترس از جان و از دست دادن سلطنتش آن حضرت را به شهادت رسانيد.